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Sujet de thèse WASCAL 2022
Candidature à instruire auprès du WASCAL/CEA-CCBAD de l'Université Félix Houphouët- Boigny 

Directeur de thèse : Professeure Ouali N’Goran San-Whouly Mauricette, WASCAL, UFHB

Co-encadrement : Dr. Régis Babin, UMR PHIM, CIRAD

* Titre : Impact des facteurs agroécologiques sur la dynamique spatio-temporelle des foyers de cocoa swollen shoot virus et des populations des cochenilles vectrices dans les systèmes agroforestiers à base de cacaoyers de Côte d’Ivoire

* Mots clés : distribution spatiale, dynamique des populations, interactions spatiales, ravageurs et maladies du cacaoyer, facteurs biotiques et abiotiques, microclimat, diversité végétale associée, gestion agroécologique.

* Type de contrat : Contrat doctorant de l’UFHB/WASCAL de 36 mois, dans le cadre du projet DeSIRA Cocoa4Future (Union Européenne)

* Financement : La bourse incluant le salaire du doctorant et les frais académiques, et le fonctionnement sont acquis dans le cadre du projet DeSIRA Cocoa4Future

*Cadredel’étude: ce travail de thèse s’insère dans le projet européen DeSIRA Cocoa4Future (C4F) dont l’objectif principal est lapromotion de l’agroforesterie dans la filière du cacao ivoirienne.Une composante du projet est dédiée à la maladie du Cocoa swollen shoot virus (CSSV) et s'appuie sur un réseau de plantations agroforestières largement distribuées sur la zone de production de cacao du pays. Des cartographies, des enquêtes et des observations sont actuellement menées par une équipe pluridisciplinaire pour caractériser les conditions agroécologiques de culture du cacaoyer dans ces plantations, mais également les performances de ces systèmes en termes de productivité et de résistance aux maladies et ravageurs. Dans ce contexte, l’étudiant(e) mènera des observations régulières au sein de foyers de swollen shoot dans une trentaine de parcelles du réseau.

Profilcandidat:Un(e) étudiant(e) diplômé(e) d’un Master 2 (ou équivalent) formé(e) en biologie ou écologie avec des compétences en biostatistiques et en modélisation ainsi qu’un attrait fort pour les statistiques spatiales. Des compétences en programmation dans le langage R est un prérequis. Une connaissance des SIG serait un plus.
Une attention particulière sera portée aux candidatures féminines.

 

Présentation du sujet
Contexte et enjeux :
Le “Cocoa swollen shoot virus” ou CSSV est une maladie en expansion en Côte d’Ivoire, où elle menace la filière cacao dans la majorité des régions de production du pays(Akaetal.,2020). LeCSSV est un Badnavirus responsable de défauts de croissance dont les plus sévères entraînent un dépérissement rapide des cacaoyers, une chute de la production et la mort des arbres en quelques années (Mulleretal.,2018). Le CSSV est transmis par une quinzaine d’espèces de cochenilles farineuses (Hemiptera : Pseudococcidae) (Wetten et al, 2016). Dans les plantations, la maladie du CSSV apparaît sous la forme de foyers d’infection de quelques cacaoyers qui s’étendent progressivement pour atteindre la totalité de la plantation en quelques années (JegeretThresh, 1993). La dynamique spatio-temporelle des foyers d’infection par le CSSV est liée aux comportements de dispersion des cochenilles vectrices. Deux types de propagation sont ainsi observées : 1/ la propagation radiale, à partir des limites d'un foyer vers les cacaoyers adjacents, est due aux déplacements des stades mobiles des cochenilles infectieuses qui empruntent les branches entrecroisées des frondaisons pour passer d’un cacaoyer à son voisin, et 2/ la propagation “par sauts”, provoquant l'émergence de nouveaux foyers à quelques dizaines de mètres d'une zone infectée,est liée à la dispersion des cochenilles par le vent (Cornwell, 1958 ; 1960). Les fourmis, avec lesquelles les cochenilles entretiennent des relations de trophobiose parfois très strictes, peuvent également les transporter sur des distances généralement peu importantes. L'émergence d'un foyer loin de toute source d'infection serait liée à la présence de plantes hôtes alternatives du virus comme le kapokier(Ceibapentandra) ou les kolatiers(Colaspp.). Le transport de cabosses ou de plants de cacaoyers par l’homme pourrait aussi l’expliquer.
 
Objectif de la thèse : l’objectif général de la thèse est d’améliorer les connaissances sur l’épidémiologie dela maladie du CSSV pour en faciliter la gestion agroécologique. Ce travail de thèse devra contribuer à l’élaboration de recommandations de gestion agroécologique du CSSV basées sur une meilleure compréhension des mécanismes et facteurs impliqués dans la dynamique spatio-temporelle de lamaladie.
 
Plus spécifiquement, il s’agit de :

  • décrire la dynamique spatio-temporelle de foyers de CSSV et des cochenilles vectrices associées dans des plantations agroforestières de cacaoyers ;
  • identifier, caractériser et hiérarchiser les facteurs agroécologiques impliqués dans cette dynamique ;
  • proposer des recommandations de lutte contre le CSSV basées sur cesrésultats.

Méthodologie :
Des observations régulières seront menées au sein d’un réseau d’une trentaine de plantations sélectionnées : 1/ parce qu’elles hébergent au moins un foyer de CSSV et 2/ pour leur intérêt agroécologique (diversité des conditions de culture). Les résultats des autres activités du projetCocoa4Future seront pris en compte pour la sélection des parcelles.
Les éléments végétaux composants les plantations, c’est-à-dire les cacaoyers et les plantes associées seront cartographiés par télédétection et par des mesures de terrain. Il sera ainsi possible, par des observations régulières, de caractériser à l’échelle de la plantation la distribution spatiale des symptômes de la maladie et des populations de cochenilles vectrices et son évolution dans le temps. Des indices de structure pourront être utilisés pour déterminer si la distribution de certains éléments composants la parcelle favorise ou freine la dispersion spatiale des cochenilles. L’ombrage sera mesuré au moyen de photographies hémisphériques et le microclimat par l’utilisation de data loggers. Les communautés de fourmis seront également caractérisées et cartographiées de façon à mieux comprendre les interactions qu’elles entretiennent avec les cochenilles vectrices. Des outils de modélisation spatiale seront utilisés.

Constitution du dossier/ Pièces à fournir :

  • CV
  • copie des diplômes du BAC au Master 2 (ou équivalents)
  • lettre demotivation
  • 2 lettres derecommandation
  • copie de la pièce d’identité

Date limite de candidature : 15 décembre 2021 

Date de début de contrat : 15 janvier 2022

Les candidats doivent répondre à cet appel directement, en soumettant toutes les informations demandées, via ce mail : candidatures@wascal-ci.org
 
 Pour plus d’information sur le poste, contacter : Dr. Mauricette Ouali N’Goran : ngoransw@yahoo.fr   -   Dr. Régis Babin : regis.babin@cirad.fr

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